鴎外は当時軍隊内部で流行し、軍事衛生の上で大きな問題となっていた脚気の原因について細菌による感染症であるとの説を主張し、のちに海軍軍医総監になる高木兼寛と対立した。あくまで自説に固執し日露戦争でも兵士に麦飯を支給するのを拒んだ（自ら短編「妄想」で触れている）ため、陸軍が25万人もの脚気患者を出し、3万名近い兵士の命を犠牲にしたことについて責任があるとされる（同時期、高木の指示で兵員に麦飯を支給していた海軍では脚気患者は軽症者がわずかに発生したのみで、死者は無しと伝えられる）。「ロシアのどの将軍よりも多くの日本兵を殺した者」との批判すらある。一方、森を擁護する意見としては、生活的に決して裕福ではなかった下士官・兵たちの「軍隊に入ったのだから白米を食いたい」（当時麦飯は囚人や貧乏人の食事とされていた）という主張があったことを考慮すべきであるとの説もある。

しかし脚気の項目で詳細が記されているように、麦飯を採用していた海軍において脚気による死亡者が無かったことを考えると、鴎外に対する擁護は信奉者による過大評価と言っても過言ではなかろうと思われる。日露戦争終戦直前、業を煮やした陸軍大臣寺内正毅が鴎外の頭越しに麦飯の支給を決定、鴎外の面目は全く失われた。「予は陸軍内で孤立しつつあり」とは、この頃の鴎外の述懐である。

後に鈴木梅太郎が脚気の特効薬であるオリザニン（＝ビタミンB1）を発見し、オリザニンと脚気との因果関係が証明されて治癒の報告が相次いだ後も、かたくなに鈴木と学会の見解を誤りであるとして糾弾したとも言われており、医学界での孤立をますます深める結果になった（結局、鴎外は死ぬまで「脚気は細菌による感染症である」との自説を撤回しなかった）。